Conforme o artigo XXIV do Tratado, foram criadas sete Comissões Especiais da Região Amazônica destinadas ao estudo de problemas e tópicos específicos. As Comissões agrupam instituições nacionais competentes de cada setor, criando uma ativa rede sub-regional de comunicação.

As Comissões Especiais foram divididas em quatro Coordenadorias:
- Saúde (Cesam) e Assuntos Indígenas (Ceaia)
- Meio Ambiente (Cemaa)
- Transportes, Infraestruturas e Comunicações (Ceticam)
  e Turismo (Cetura)
- Educação (Ceeda) e Ciência e Tecnologia (Cecta).

Comissão Especial de Saúde (CESAM)

No Artigo VIII do Tratado, os países amazônicos decidiram promover a coordenação dos serviços de saúde em seus territórios amazônicos, adotando as medidas cabíveis para melhorar as condições de saúde da região e elaborar métodos para combater e evitar epidemias.

A CESAM foi criada em março de 1988, como um órgão de coordenação setorial, durante a III Reunião do Conselho de Cooperação Amazônica. A CESAM já se reuniu quatro vezes, sendo a última em Lima, em junho de 1995.

Comissão Especial de Assuntos Indígenas (CEAIA)

A CEAIA foi criada durante a III Reunião de Ministros das Relações Exteriores do TCA (Quito, Março de 1989) com a finalidade de concretizar o interesse regional pelas questões indígenas. Esta Comissão Especial se reuniu quatro vezes. A última reunião foi em Lima, em 1995.

Comissão Especial de Meio Ambiente (CEMAA)

Esta Comissão foi criada durante a III Reunião de Ministros das Relações Exteriores do TCA (Quito, Março de 1989) para buscar objetivos comuns de proteção ambiental, bem como a utilização racional dos abundantes e variados recursos naturais amazônicos. Esta comissão já se reuniu cinco vezes; suas duas últimas Reuniões Ordinárias foram em Lima em 1995 e em Santafé de Bogotá, em 1996.

Comissão Especial de Transporte, Infra-estrutura e Comunicações (CETICAM)

A IV Reunião do Conselho de Cooperação Amazônica (Santafé de Bogotá, maio de 1990) criou a Comissão Especial de Transporte para a Amazônia (CETRAM). Posteriormente, a IV Reunião de Ministros de Relações Exteriores do TCA, realizada em Santa Cruz de la Sierra, Bolívia, em novembro de 1991, aprimorou sua área de abrangência, incluindo as questões de comunicações e infra-estrutura e alterando seu nome para Comissão Especial de Transporte, Infra-estrutura e Comunicações (CETICAM).

Em termos gerais, os programas e projetos desta Comissão Especial visam criar estratégias para a promoção do transporte em suas diferentes modalidades; preparar um planejamento geral e projetos em transporte fluvial no rio Amazonas para desenvolver o comércio e contribuir com o bem-estar da região; promover a criação de um sistema de transporte terrestre (estradas e ferrovias) e fomentar o transporte aéreo regional; facilitar as telecomunicações; realizar estudos prévios de viabilidade e estudos de viabilidade ou as passagens prioritárias interoceânicas e identificar alternativas intermodais de conexão entre as bacias dos rios Amazonas, Orinoco e Prata.

Comissão Especial de Turismo (CETURA)

A CETURA foi criada durante a IV Reunião do Conselho de Cooperação Amazônica (Bogotá, maio de 1990) com a finalidade de estabelecer mecanismos adequados de cooperação para planejamento e criar a infra-estrutura necessária para o desenvolvimento do turismo na região amazônica.
Esta Comissão já se reuniu três vezes; a última Reunião Ordinária foi em Lima, em junho de 1995.

Comissão Especial de Educação (CEEDA)

Na V Reunião de Ministros de Relações Exteriores do Tratado de Cooperação Amazônica, foram adotadas duas decisões associadas à educação: a Comissão Especial de Educação (CEEDA) foi criada como um mecanismo para avaliar as experiências e coordenar a elaboração de planos educacionais adaptados à realidade amazônica, para fomentar a educação e o treinamento dos recursos humanos na região amazônica, bem como o respeito pela identidade cultural de seus povos; também foi decidido um programa comum para promover a educação e a conscientização ambiental na escola e, para tanto, eles solicitaram à CEEDA que organizasse e convocasse um seminário regional, que deverá propor as diretrizes, o conteúdo e o escopo dos manuais para esse propósito.

Em 1997, a I Reunião Ordinária desta Comissão Especial, bem como o "Seminário Regional sobre Preparação de Manuais para um Programa Comum de Promoção da Educação e Conscientização Ambiental nas Escolas”  foram realizados.

Comissão Especial de Ciência e Tecnologia (CECTA)

A CECTA foi criada durante a III Reunião do Conselho de Cooperação Amazônica (Brasília, Março de 1988). Dentre seus objetivos estão promover e supervisionar a execução de projetos regionais e outras atividades realizadas pelos Países Membros do TCA nas áreas de ciência e tecnologia, bem como servir de mecanismo de obtenção de recursos financeiros de fontes internacionais e como coordenador da utilização desses recursos em programas regionais. Esta comissão já se reuniu cinco vezes; suas duas últimas Reuniões Ordinárias foram em Lima em 1995 e em Iquitos em 1996.